Sejak berdirinya sampai saat ini, STAIN Salatiga telah melewati sejarah yang cukup panjang, dan mengalami beberapa kali perubahan kelembagaan.
Pendirian lembaga ini, bermula dari cita-cita masyarakat Islam Salatiga untuk memiliki Perguruan Tinggi Islam. Oleh karena itu didirikanlah Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP) Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) "Nahdlatul Ulama" di Salatiga. Lembaga ini menempati gedung milik Yayasan "Pesantren Luhur", yang berlokasi di Jalan Diponegoro Nomor 64 Salatiga. Lembaga ini berdiri berkat dukungan dari berbagai pihak, khususnya para ulama dan pengurus Nahdlatul Ulama
Jawa Tengah.